Havsnivå
Med ett varmare klimat höjs nivåerna i havet. Havsnivåhöjningarna innebär inga egentliga nackdelar för sjöfarten till havs men kan ge problem i hamnar. I de norra delarna av Sverige, där landhöjningen är större, blir inte påverkan av nivåhöjningen lika stor. Därför är det främst hamnar i landets södra delar som kan behöva byggas om först. Blir havsnivåhöjningarna stora kan hamnar även behöva stängas eller flyttas.
Nivå i stora sjöar
Studier visar att Sveriges stora sjöar Vänern, Vättern, Mälaren och Hjälmaren står inför stora förändringar när klimatet blir varmare. Det varmare klimatet leder bland annat till förändrade vattennivåer. Inom de närmsta 100 åren förväntas det påverka handelssjöfarten endast i Vänern, då Mälaren har djupare farled och de andra sjöarna saknar handelssjöfart. Nivåerna i sjöarna kommer variera mer än tidigare vilket vid lågflöden kan leda till problem för sjöfarten.
Vattenflöden och erosion
Ökade vattenflöden kan leda till problem bland annat genom ökad risk för erosion, ras och skred i trånga passager, som till exempel kanaler. Risken för skred är exempelvis hög längs Göta älv vilket kan drabba sjöfarten.
Skredrisk Göta älv - SGI
Is
Att klimatförändringarna leder till mindre utbredning av havsis och kortare issäsong är positivt för sjöfarten. Denna förändring förväntas gälla för både hav och sjöar. Beräkningar visar att ytvattnet i stora sjöar kan värmas upp med mellan en och tre grader. Dessa förändringar gör att man för Mälaren i framtiden tror att antalet dagar med is kan halveras.
Redan idag kan man se att istäcket minskat på Östersjön. Sedan 1960-talet har det isbeklädda området minskat med ungefär 35 procent.